Dem Geschäftsbereich Finanzen und Controlling unter der Leitung von Mag.^a Gabriela Neumaier, MMBA obliegt die Verantwortung für Planung, Steuerung und Überwachung der finanzwirtschaftlichen Prozesse. Dazu gehören die Erstellung des Budgets, die Sicherstellung der kurz-, mittel- und langfristigen Planungen für das Kepler Universitätsklinikum sowie die Erstellung des Jahresabschlusses samt bilanzstrategischer Maßnahmen. Kernaufgabe ist der Aufbau und die Vereinheitlichung der bestehenden Planungsinstrumente inklusive Planungsorganisation am Kepler Universitätsklinikum und die Sicherstellung eines modernen Unternehmensberichtswesens und Unternehmenscontrollings. Der Geschäftsbereich ist zuständig für den gesamten Bereich der Krankenanstalten-Planung und -Finanzierung und dabei Ansprechpartner für Finanz- und Gesundheitsbehörden, den OÖ. Gesundheitsfonds sowie für Banken.

Darüber hinaus obliegt dem Geschäftsbereich die Verantwortung für die Einhaltung der Vorgaben der Art.15a B-VG-Vereinbarung über die Errichtung einer Medizinischen Fakultät in Linz.